Здание Эстонской авиационной академии возведено в 2011 году и является одним из наисовременнейших в Прибалтике. В учебном корпусе имеется лётный симулятор для подготовки пилотов и комплекс симуляторов для совершенствования навыков обучения авиационных диспетчеров.

Комплекс симуляторов АТС является компьютерной  рабочей средой. Отображаемый на экранах симулятора башни управления полётами 360 градусный обзор позволяет имитировать различные реальные аэродромы. На симуляторах будущие руководители полётов оттачивают свои умения действовать в самых различных обстоятельствах, которые могут возникнуть в процессе работы авиадиспетчера, а также прорабатывать кризисные ситуации.

Лётный симулятор FNPT II/MCC даёт возможность имитировать многомоторный коммерческий самолёт King Air 200 и многомоторный самолёт Piper Seneca V.  На симуляторе возможно также пройти подготовку Multi Crew Cooperation Training (MCC).

В дополнение к этому, в учебном здании находятся лаборатория авионики, самая большая в Эстонии библиотека по воздухоплаванию, компьютерный класс. 
Подготовка специалистов проводится также в ангаре по обслуживанию воздушных судов, расположенном на территории Тартуского аэропорта.